Le rocher de l’Islet sur lequel s’appuie le Fort National servait au Moyen Age de point de repère pour les bateaux. En 1689 Louis XIV décida de faire du rocher un bastion défensif contre les attaques anglaises. Vauban dessina les plans du fort et l’ingénieur Siméon Garangeau les exécuta.

Le fort pris le nom de Fort Républicain, sous la Révolution, de Fort Impérial sous Napoléon Ier, de Fort Royale sous la restauration, de nouveau de Fort Impérial de 1852 à 1870 et de Fort National depuis cette date.

Le Fort est classé Monument Historique depuis 1906.